事物的發展是曲折的，前進的道路也不是一帆風順的。1992年進入市場經濟后，由于外部環境和主觀因素、歷史矛盾和現實問題等多種因素疊加，雞西礦務局一度陷入前所未有的困境。這一時期是企業變革最為頻繁的特殊歷史時期。
雞西礦務局1990年至1993年隸屬國家能源部，1994年至1998年隸屬煤炭工業部。1998年煤炭工業部撤銷，雞西礦務局下放到地方管理，當年省政府接管后，雞西礦務局隸屬省企工委、省國資委。2001年8月28日，雞西礦務局按現代企業制度要求實行公司制改革，企業改制為雞西礦業（集團）有限責任公司，仍隸屬省企工委、國資委；8月31日，公司召開首屆董事會。
1991—1995年，雞西礦務局提出堅持以轉換經營機制，加大改革力度，調整產業結構，全面提高‘兩效’為中心，突出抓好安全，保證持續穩定發展煤炭生產為重點，以加強企業管理，依靠科技進步為手段，把生產水平、職工素質和各項經濟技術指標推向一個高層次，建成一個綜合力強，整體功能完善，經濟效益明顯提高的新型礦區。1996－2000年，是雞西礦務局歷史上最困難的五年。1998年煤炭部撤銷，礦務局劃歸地方領導，在經濟運行上被完全推向市場，國家對礦務局完全“斷奶、斷糧”。煤炭產銷量急劇下滑，當年原煤產量僅有520萬噸，虧損大幅增加。拖欠職工工資嚴重，礦工大量流失，一些技術人員另謀生計。礦區不穩定因素增加，群體上訪事件頻發，滴道礦2000多名退休職工堵鐵路、堵公路長達9天，造成巨大經濟損失和不良政治影響。
面對嚴峻形勢，雞西礦務局在經濟運行上，提出了“依托煤炭求生存，跳出煤炭求發展”的戰略構思，號召員工走工務農、工務牧道路，大力發展第一產業，鼓勵庭院經濟，各自突圍，各自解困。大力精簡分流人員，到1998年累計分流下崗30 674人，減輕了企業負擔。1998年9月1日，雞西礦務局出臺基層單位全部放開、實行獨立經營、變為二級法人的舉措，并注冊登記法人營業執照。從1999年3月30日開始， 雞西礦務局實行新的銷售管理體制，成立銷售總公司，設銷售、運輸、洗煤三個處，設進出口、儲運、生活、多種經營四個公司，設駐遼、吉、黑三個公司。1999年經國家有關部門核準，對恒山礦、小恒山礦、穆棱礦、大通溝礦開始依法履行政策性破產程序，重新組合之后陸續安置職工1.66萬人，為企業改制做了必要準備。
2000年，新任雞西礦務局局長的趙文林提出了“吃上飯、吃飽飯、吃好飯”的發展方向，大力弘揚長征、大慶、抗洪“三種精神”，工作上從轉變干部作風抓起，突出井下生產一線，開展了上總量、達標準、保安全、增效益會戰，使礦區形勢開始有了新變化，職工情緒穩定，各項工作穩步回升。2001－2005年，是雞西礦業集團走出低谷、復蘇振興的五年。借助國家和省政府的政策支持和煤炭市場好轉、價格持續上揚的有利因素，抓住機遇快發展，努力擺脫計劃經濟體制的束縛，開始建立規范的適應市場經濟發展的現代企業制度，穩妥地改革轉制，進一步活化經營機制，細化經營管理，抓接續上總量，強化質量達標工作，加大安全投入打牢基礎，加強干部作風建設和員工隊伍建設，不斷戰勝自我，超越自我，礦區政治經濟社會面貌實現一年一個新變化。